La presenza dei Frati Minori a Fermo risale ai primi tempi dell’Ordine, ma si ignorano il primitivo luogo e l’anno dell’insediamento, certamente prima del 1240. La Chiesa ed il Convento S. Francesco di Fermo dentro le mura della città risalgono ai tempi del vescovo Filippo (1229-50) quando fu dato ai frati un luogo «idoneo» entro le mura, cioè la cappella di S. Leone con case piazza e orto. Era il 16-6-1240. Papa Innocenzo IV confermò la donazione nel 1252, scrivendo al vescovo Gerardo (1250- 73) per la traslazione della parrocchia e la benedizione della prima pietra di quella vasta chiesa a tre navi « tota lateritia» che vedrà presto i fervori del b. Adamo ( + 1282) e del b. Giovanni, detto poi della Verna (+ 1322) e lo sviluppo del contiguo convento che, sotto la benevolenza del vescovo Filippo (1273-1300) - a cui il papa impose di difendere i Minori di tutta la Marca - sarà capo della cosiddetta «Custodia Fermana» con i suoi 18 conventi.
E i Frati Minori continuarono a servire Dio e il popolo, invitando alla preghiera col nuovo campanile del 1425. Nel 1477 ebbero in dono l'ex-monastero delle Vergini e l'annessa «amplissima» parrocchia con la dipendenza di S. Maria di Saletto.
Il convento era già grande nel secolo XVI e sede di molti capitoli: 1478, 1548, 1591, ma fatiscente. Cadde infatti la sacrestia nel 1595 e iniziarono lavori di restauro: il portale, la chiesa «Restituta in superficie interiori», erezione di nove cappelle in travertino, quattro altari «ad formam neothe-ricam» con ornamenti e colonne di marmo.
Fu sede di noviziato (1535-1713) e di Studio (... 1562-1852), accogliendo anche negli anni 1701-1720 i baccellieri laureandi del Collegium di Praga, espulsi per motivi politici.
Tetti e dormitori caduti nel 1653, cappelle cadenti nel 1673 e il terremoto del 1703, che devastò due volte laterali della chiesa, imposero lavori di rabberciamento, ma nel 1725 ebbero facoltà di rifare ex novo il convento intorno ad un chiostro chiuso e rettangolare alla moda settecentesca, nominando «praefectus fabricae» il baccelliere P. Nicola Egidi. Si lavorò dal 1728 fino al 1791.
Neppure pienamente posseduto, arrivarono i napoleonici (1797-99) a porvi il quartier generale della cavalleria, e nel 1808 la soppressione delle corporazioni religiose. Rimasero il parroco e un suo vice, in abito da prete. Solo nel 1816, gli altri frati poterono riunirsi senz'abito, riuscendo a ricomporre la comunità nel 1820, con la parte del convento restato agli uffici «Amministrazione Beni Ecclesiastici ed ex-communitativi», divenuti poi «Residui demaniali» e lo sarà fino al 1853.
La comunità crebbe di nuovo e si continuò a restaurare la chiesa negli anni 1838-40, demolendo in parte le sovra-strutture barocche - quelle pienamente asportate negli ultimi decenni.
Ma i tempi rimasero insicuri. Fermo ebbe governi rivoluzionari-provvisori nel 1831 e 1849. Infine l'arrivo dei Piemontesi nel 1860 e si tornò alla soppressione delle corporazioni religiose negli anni 1861-66. Il convento divenne stazione militare, poi scuola.
Restarono nuovamente parroco e suoi aiutanti, in attesa di tempi migliori, quando cioè i religiosi poterono riunirsi come privati cittadini. Erano tre sacerdoti e due laici nel 1876 e nel 1903. Ma lentamente maturò la ripresa.
Fu sede di un seminario-ginnasio negli anni 1933-44 e, dopo sostanziali migliorie, di un pensionato studentesco, dal '59 al '71. Per crollo, premonitore, di parte di una volta, la chiesa è stata chiusa dal 1973 al 2000. Nel 2016 i Frati Minori della Provincia Picena hanno accolto l’invito dei Frati Minori Conventuali a servire la chiesa e a custodire il Convento. Ma, il terremoto dell’ottobre 2016 ha colpito profondamente chiesa e Convento, e solo nel 2019, dopo una messa in sicurezza delle colonne della chiesa, del 1255, e del tetto è stato possibile ripristinare l’ambiente delle celebrazioni. Il convento rimane in parte inagibile.

Notizie tratte da G. PARISCIANI, I Frati Minori conventuali delle Marche (secc. XIII-XX), Ancona, 1982, 272-274.