I Frati Minori, sin dai primi tempi dell’Ordine ebbero una propria sede in Matelica: prima nel romitorio di S. Claudio, poi nel conventino di S. Giovanni de Fora, fondato, secondo alcuni storici, nel 1215, nella zona del monte che conduce a Braccano.
L’origine dell’attuale convento di S. Francesco è ignota; ma è certo anteriore al 1261, come risulta da alcuni documenti. Ingrandito e migliorato, rimase ai Frati Minori Conventuali fino al 7 aprile 1519, poi fu ceduto a noi.
Grande e regolare, fu quasi sempre sede di Studio e del Collegio Serafico e per vario tempo anche della Curia Provincializia (1911-1933).
La chiesa è ricca di classiche pitture della scuola di Raffaello, del Ramazzani, del Palmezzano, del Cardi, dei fratelli De Magistris e del Nobili: un’autentica pinacoteca.
Dal 1955 in poi, essendosi richiesto il risarcimento danni per il perduto studio teologico di Zara, lo Stato autorizzava e sovvenzionava la costruzione di una nuova ala a ponente, lungo il piazzale della chiesa.
Il vecchio convento rimasto quasi disabitato, anche se utilizzato per incontri e celebrazioni, necessita di un restauro provvidenziale. Chiesa e Convento sono stati colpiti dl terremoto del 1997 e da quello del 2016. Allo stato attuale rimane agibile solo la parte nuova del Convento.