Fin dal 1443 i nostri Religiosi ebbero un conventino sito fuori della città; in seguito officiarono la chiesa di S. Eracliano e, presso questa, eressero un convento.
Nel 1540 il Duca della Rovere Guidobaldo II faceva edificare dai famosi architetti Girolamo e Bartolomeo Genga il Convento e la Chiesa di S. Giovanni. Il convento e specialmente la chiesa, riuscirono maestosi. La chiesa fu consacrata nel 1656.
Nel 1861 i Frati dovettero lasciare il convento, ridotto a Distretto Militare, adattandosi prima presso il convento di S. Francesco di Paola, poi in una casa privata vicino alla chiesa, finché non riottennero una piccola parte dell'antico convento, con relativo orto.
In questi ultimi tempi sono stati effettuati lavori di ampliamento, come il salone-teatro, varie sale per ospiti e per lavoro di apostolato; la casa di accoglienza “Arduino Priori”, la mensa per i poveri e bisognosi, la biblioteca ed il museo.
La Comunità, oltre la vita regolare, svolge un intenso e molteplice lavoro di apostolato presso l’Ospedale civile, con la pastorale della salute.