Dopo la presenza francescana in Urbino, con la chiesa ed il convento S. Francesco, risalente ai primi anni della storia dell’Ordine, la costruzione del grande e monumentale Convento fu iniziata nell' anno 1425, a due chilometri circa dalla città, verso levante, su di un colle, per volontà e a spese del Conte di Montefeltro, con il titolo di S. Bernardino. Nei tempi di massimo splendore, ospitò una quarantina di Religiosi. La chiesa di deve all’Architetto Francesco di Giorgio Martini
Nel 1475 vi fu tenuto il Capitolo Generale nel quale fu eletto Ministro Generale Francesco Nanni detto “Sansone”.
Nel 1596 i Duchi dettero Convento e Chiesa ai Frati Minori Riformati, che lo abitarono fino alla soppressione del 1866, quando dovettero abbandonarlo, lasciando soltanto qualcuno dei frati come custode e cappellano dell’attiguo cimitero.
I frati, pur di rimanere in questo luogo ad essi particolarmente caro, acquistarono una casa in città con una piccola chiesa, intitolata a S. Andrea Apostolo.
Il Convento fu riacquistato per opera del P. Ferdinando Parri, nel 1934. Il Convento è stato restaurato in vari periodi e ancora oggi, colpito dal terremoto del 2016, necessita di restauri accurati.