Proseguendo l’itinerario arriviamo a S. Elpidio a Mare, dove la presenza francescana risale ai primi tempi dell’Ordine, vi era infatti un Convento intitolato San Francesco vecchio, fuori del paese. I Frati francescani ne edificarono, poi, un altro a partire dal 1450, dentro la città. Caduto in disgrazia con le soppressioni ottocentesche, il Convento fu trasformato in scuola e la chiesa officiata dai frati fino al 1903.
Quanto al Convento e alla Chiesa dei Frati Minori, ossia S. Maria di Gesù, antica sede delle Clarisse, esso fu abitato dai frati a partire dal 1460 (cfr. A. TALAMONTI, Cronistoria dei Frati Minori della Provincia lauretana delle Marche, Vol 5, Sassoferrato, 1961, 255-270). Esso, a seguito delle soppressioni ottocentesche, fu trasformato in Ospedale. Di particolare interesse è il polittico di Vittore Crivelli, proveniente da questa Chiesa.
Anche i Cappuccini hanno avuto il loro Convento in questo luogo, in Via delle Grazie che conduce al cimitero. Chiesa e Convento furono entrambi edificati nel 1625; la Chiesa, dedicata a S. Giovanni Battista, fu ricostruita nel 1819. L’altare maggiore, in legno di noce, è stato trasferito qui nel 1904 dalla cappella Centofiorini della Chiesa di San Francesco a Civitanova Marche Alta e racchiude la tela di Gaetano Bessi, con soggetto l’Immacolata tra i Santi Giovanni Battista e Francesco, del 1845. La cappella a sinistra dell’altare contiene la pala di Pietro de’ Petri, Traslazione della S. Casa di Loreto con S. Cristoforo. A destra dell’altare un Crocifisso ligneo di autore ignoto proveniente dalla chiesa di Sant’Agostino a Civitanova Marche Alta.
Sono esistiti a S. Elpidio a Mare anche due Monasteri di Clarisse: uno, denominato S. Maria, molto antico, anteriore al 1236, fuori delle mura cittadine, demolito in parte nel 1377; l’altro, S. Giovanni Battista, ebbe origine nel 1395 e rimase fino al 1904.