Si prosegue per Macerata, dove la presenza francescana è stata in gran parte sepolta dalla storia e dalla vicenda delle soppressioni ottocentesche. Infatti, in questa città capoluogo e cuore della Marca centrale, vi sono state nel corso dei secoli delle presenze francescane significative e notevoli.
Vi fu un primitivo luogo francescano fuori delle mura della città, in una zona che continuò a chiamarsi Contrada di S. Francesco, nel quartiere di Santa Maria (Cfr. S. PASQUARELLA, Dinamiche insediative dei Frati Minori nella Custodia di Camerino (secoli XIII-XV), Tesi di Laurea, Macerata, A.A. 2000-2001). È in questo antico luogo e chiesa, che probabilmente vi fu sepolto il Beato Paolo da Spoleto († 31 marzo 1241), secondo Ministro Provinciale della Marca.
Anche il secondo luogo, dentro le mura, fu assai antico. L’antica sede era ove oggi è il Palazzo degli Studi, e occupava quasi tutto lo spazio dell’attuale Piazza Cesare Battisti. Innocenzo IV, nel 1247, concede l’indulgenza a chi avesse aiutato i frati nel proseguimento della costruzione della sede, così pure Alessandro IV nel 1257. La chiesa fu consacrata il giorno di Pentecoste del 1385, e arricchita di molte insigni reliquie. Era uno degli edifici gotici più belli della città. In questa chiesa vi fu sepolto nel 1347 il Beato Fr. Pietro Mulucci, secondo Vescovo della città, uno dei primi storici della S. Casa di Loreto. L’interno conteneva sette cappelle con tavole e dipinti, tra cui una terracotta dei fratelli Della Robbia. Fu di nuovo consacrata nel 1791. Con l’occupazione francese del 1810, il Convento fu usato per i soldati, quindi per i carabinieri, poi carcere femminile e scuola. Nel 1815 fu demolito il coro della chiesa. La chiesa stessa demolita nel 1824, per fare la piazza de Vico o del mercato; il chiostro fu ridotto a pescheria. Nel 1931 fu demolito ciò che restava per fare il Palazzo degli Studi (cfr. G. PASQUALI-M. TROSCÈ, Il Convento e la Chiesa di S. Francesco a Macerata. Una storia lunga sette secoli, Macerata, 2012).
I Frati Minori costruirono a Macerata il loro primo eremo S. Maria della Pietà nel 1455 e successivamente a partire dal 1507 il Convento S. Croce. La chiesa è ancora oggi destinata all’uso liturgico e pastorale, con la annessa Parrocchia, mentre il Convento, dopo essere stato sede del manicomio civile, è oggi in parte sede della Azienda Sanitaria Locale. i frati lo abbandonarono nel 1888. (Cfr. A. TALAMONTI, Cronistoria dei Frati Minori della Provincia Lauretana delle Marche . Monografie dei Conventi, Vol. 3, Sassoferrato, 1945, 315-333).
A partire dagli anni 60 del ‘900 i Frati Minori ritornarono a Macerata, costruendo la chiesa S. Francesco e la casa annessa, dove ancora oggi si dedicano alle attività pastorali della Parrocchia.
I Frati Cappuccini ebbero a Macerata tre successivi Conventi. Dapprima essi costruirono quello di S. Stefano del 1540, denominato ancora oggi i Cappuccini vecchi, vicino al rione S. Giuliano, ben visibile dalla circonvallazione della città, verso nord-est; poi, cambiarono con quello dell’Immacolata Concezione del 1600: è quello dell’attuale ospedale, con i resti della chiesa rimasti; infine, nel 1885, si costruì quello attuale, dedicato alla Madonna di Lourdes, in zona Corneto, sede di parrocchia e dell’Infermeria provinciale.
Le Clarisse ebbero a Macerata vari Monasteri: da quello antico di S. Tommaso e S. Chiara, iniziato nel XIII secolo, chiuso nel 1808, fu adibito a carcere e tribunale; a quello di S. Lorenzo, chiuso nel 1878 e quello di S. Rocco, con terziarie francescane, soppresse nel 1853. Infine, quello delle Cappuccine, aperto nel 1631 e chiuso nel 1883. Di tutta questa ricca presenza, purtroppo non resta nulla, essendo rimasto a Macerata soltanto il Monastero del Corpus Domini, delle Suore Domenicane, a cui si erano aggregate le ultime Clarisse rimaste dei vari Monasteri.